Das Lernen in der Gemeinschaftsschule Mölln basiert weitestgehend auf einer lern- und leistungsbezogenen Binnendifferenzierung, den differenzierten Formen der Leistungsrückmeldung und der Stärkung der individuellen Lernkompetenzen durch ein schulinternes Methodenkonzept.

Die Gemeinschaftsschule Mölln strebt an, die Schülerinnen und Schüler zu möglichst qualifizierten Schulabschlüssen zu führen. Das soll erreicht werden durch eine intensive und individuelle Begleitung für eine nachhaltige Entwicklung der Sach-, Methoden-, Sozial- und Selbstkompetenzen aller Schülerinnen und Schüler.

Ein Klassenleitungsteam führt gemeinsam die Klassengeschäfte und unterrichtet mehrere Fächer in der Klasse. Soweit die Personalplanung es zulässt, werden die Lehrerinnen und Lehrer innerhalb der Klassenteams möglichst lange in der Klasse eingesetzt. Die Jahrgangsteams arbeiten auf der pädagogischen und fachlichen Ebene zusammen. Sie erarbeiten und evaluieren das Fachcurriculum und planen die Unterrichtseinheiten.